В ходе мероприятий налогового контроля было установлено отсутствие у контрагента налогоплательщика необходимых ресурсов, в том числе материально-технических и трудовых, для исполнения сделок. Также у субподрядчика отсутствовало  свидетельство саморегулируемой организации, требуемое для выполнения оговоренных видов работ. Не были подтверждены и факты несения расходов, необходимых для реальной хозяйственной деятельности, а многие из представленных первичных документов содержали недостоверные сведения.

Для налогообложения важно, что право на объект было зарегистрировано за конкретным лицом и оно фактически использовало этот актив. Тогда признание сделки, на основании которой зарегистрировано право, недействительной не может являться основанием для освобождения данного лица от налога на имущество. Суды установили, что спорные нежилые помещения в период более года были зарегистрированы за ИП и находились в его фактическом пользовании. Поэтому, по мнению судов, инспекторы правомерно начислили коммерсанту налог на имущество за этот период.

Позиция налоговиков, согласно которой зачет уплаченного НДС в счет погашения былой недоимки не является мерой принудительного взыскания задолженности, ведущей к начислению процентов, поскольку спорная сумма самостоятельно отправлена компанией в бюджет, ошибочна. Проведенный инспекцией зачет является мерой принудительного взыскания. Порядок возврата излишне взысканных сумм налогов и сборов регулирует статья 79 НК РФ. Положения данной статьи применимы и при возврате неправомерно взысканного.

Волеизъявление бизнес-субъекта, соответствующего УСН-критериям, на использование этого спецрежима может быть выражено не только в форме письменного уведомления, но и в виде фактического применения «упрощенки».

Суд установил, что у двух организаций бухгалтерский учет велся одним и тем же лицом, сотрудниками кадровой службы и бухгалтерии являются одни и те же лица, которые осуществляли деятельность в одном месте, их функциональные обязанности идентичны, работники, которые были переведены, осуществляли одни и те же функции в указанных организациях;, работники при осуществлении деятельности использовали материальную базу (транспортные средства) взаимозависимого лица.

Наличие в штате только двух сотрудников (генерального директора и менеджера), отсутствие складских и производственных помещений само по себе не подтверждает номинальность руководителя. То обстоятельство, что руководитель имеет другую работу, о которой не сообщено инспектору, также не означает, что она не имеет возможности заниматься иной деятельностью.

Суды указали, что направление акта позже, чем нужно, существенным нарушением не является. Получение акта по истечении срока  при условии предоставления бизнес-субъекту возможности подать возражения на акт, – не основание для отмены решения инспекторов

Суд пришел к выводу о том, что директор не доказал, что документы были уничтожены или утеряны. Его полномочия как единоличного исполнительного органа общества прекратились, поэтому он обязан передать новому руководителю все документы, которые подлежали хранению по месту нахождения его единоличного органа или в ином месте, известном и доступном участникам.

Отсутствие у спорных контрагентов задекларированной материально-технической базы и персонала само по себе не свидетельствует о нарушениях со стороны налогоплательщика, а касается лишь оценки именно их деятельности, за которую налогоплательщик ответственность нести не может. Если компания доказала факт приобретения товаров, то ФНС не вправе отказать ей в вычете даже в том случае, если его контрагент (поставщик) имеет признаки фирмы-однодневки и не платит НДС.

Суды встали на сторону компании, указав, что запрошенные документы не относятся к первичным, их непременное составление законодательством не предусмотрено. Кроме того, они не подтверждают правильность расчета и уплаты налогов, не служат основанием для их исчисления.