ИП, желающие заключить контракт с региональным оператором, должны будут учитывать НДС при формировании своей заявки. Это означает, что предлагаемая цена должна включать в себя не только прямые и косвенные затраты, но и сумму НДС. Несоблюдение этого требования может привести к отклонению заявки. Если ИП на УСН не соответствует критериям для освобождения от НДС, согласно ст. 145 НК РФ, то ее операции по продаже товаров, выполнению работ, оказанию услуг и передаче имущественных прав будут облагаться НДС на общих основаниях.

Пунктом 4 статьи 164 НК РФ установлено, что при исчислении НДС в соответствии с пунктом 8 статьи 161 НК РФ налоговая ставка определяется как процентное отношение налоговой ставки, предусмотренной в том числе пунктом 8 данной статьи 164 Кодекса, к налоговой базе, принятой за 100 и увеличенной на соответствующий размер налоговой ставки. В связи с этим при приобретении макулатуры у налогоплательщиков на УСН, работающих с НДС по ставкам 5 или 7 процентов, налог исчисляется покупателем по расчетной ставке в размере 5/105 (7/107).

Бухгалтерия вправе поставить «входной» НДС к вычету в пределах трехлетнего срока. Причем вне зависимости от того, какая в результате возникнет разница – положительная или отрицательная (то есть сумма налога к возмещению или к уплате). В НК РФ нет норм, ограничивающих право на применение вычета в более позднем периоде, чем когда товар получен и оприходован. Но это не означает, что можно произвольно изъять уже поставленные к вычету суммы НДС из одного налогового периода  и заявить их к вычету в другом. Одновременно с этим, согласно пункту 7 статьи 171 НК РФ вычетам подлежат суммы налога, уплаченные по расходам на командировки и представительским расходам, принимаемым при исчислении налога на прибыль. Право заявлять такие вычеты в течение трех лет НК РФ не установлено. Значит, их нужно заявлять сразу, и никак иначе. Подобный НДС-вычет нельзя перенести на более поздние налоговые периоды в рамках 3-летнего срока.