Для целей применения УСН остаточная стоимость имущества учитывается по правилам бухгалтерского учета. Согласно пункту 8 ПБУ 6/01, купленное имущество учитывается по его покупной стоимости. Первоначальной стоимостью основных средств, приобретенных за плату, признается сумма фактических затрат организации на приобретение, сооружение и изготовление, за исключением НДС и иных возмещаемых налогов.

При заключении второго дополнительного соглашения трудовой договор был продлен уже после фактического истечения срока его действия.  То обстоятельство, что дополнительное соглашение о продлении срока действия трудового договора заключено за пределами срока его действия, а работник продолжал работу, свидетельствует о том, что договор считается заключенным на неопределенный срок.

Решение о включении в трудовой договор условия о выплате компенсации в случае расторжения трудового договора до истечения срока его действия было согласовано сторонами. Значит, оно действительно и его нужно соблюдать.