Если физлицо (неважно гражданин РФ он или иностранец) постоянно находится и работает за пределами РФ, то он не признается налоговым резидентом России. Российская организация – это источник доходов в РФ для такого работника. Поэтому она должна исчислять и удерживать НДФЛ с зарплаты по ставке 30% как налоговый агент.