Специалисты Минфина сослались на статью 1069 Гражданского кодекса, согласно которой вред от незаконных действий или бездействия госорганов и их должностных лиц возмещается за счет казны соответствующего уровня (РФ, региона или муниципалитета). Однако для привлечения к деликтной ответственности необходим полный состав правонарушения: факт и размер вреда, противоправность поведения причинителя, причинно-следственная связь и его вина. Отсутствие хотя бы одного из этих элементов исключает возможность возмещения.

У работодателя имелись основания для применения меры дисциплинарного взыскания в виде увольнения по пункту 9 части 1 статьи 81 Трудового кодекса Российской Федерации, поскольку принятые истцом решения повлекли за собой неблагоприятные последствия для ответчика, а именно причинение ущерба, наличие которого подтверждается совокупностью исследованных доказательств. При этом, увольнение истца признано незаконным в связи с нарушением работодателем предусмотренного порядка привлечения истца к дисциплинарной ответственности и процедуры увольнения, а не в связи с отсутствием оснований для применения  меры дисциплинарного взыскания, в виде увольнения по пункту 9 части 1 статьи 81 Трудового кодекса Российской Федерации, поскольку в ходе рассмотрения спора достоверно установлены нарушения истцом требований должностной инструкции, не обеспечения транспортной безопасности, безопасности плавания судов в море (реке) и на стоянке в портах, что повлекло ущерб имуществу ответчика и третьих лиц, т.е. нарушение сохранности имущества, за что был привлечен к дисциплинарной ответственности.

Проверяющие не представили доказательств согласованности действий сторон, получения дохода исключительно или преимущественно за счет налоговой выгоды. Ревизоры не установили недостоверности сведений в предъявленной первичке. Эта документация подтверждает выполнение работ привлеченными компаниями. Доказательственная база инспекторов строилась исключительно на предположениях, в основе которых – признаки недобросовестности не самого общества, а его контрагентов. Однако подобное обстоятельство не может служить основанием для лишения общества НДС-вычетов и налоговых расходов. Законодательство не возлагает на налогоплательщика обязанность по проверке деятельности его контрагентов. Они являются самостоятельными плательщиками, несущими ответственность в случае недобросовестного исполнения налоговых обязательств.