Участники СПИК вправе претендовать на льготные ставки при зачислении налога как в федеральный бюджет, так и в бюджеты субъектов РФ. Однако главным условием остается ведение раздельного учета доходов и расходов по проекту, реализуемому в рамках инвестконтракта, и по иной деятельности. Наличие филиалов, по мнению чиновников, не меняет общий принцип формирования налоговой базы. Налог рассчитывается в целом по организации, а не отдельно по каждому подразделению. При расчете доли прибыли, приходящейся на обособленные подразделения (для уплаты налога в региональные бюджеты), учитываются показатели среднесписочной численности сотрудников (или расходов на оплату труда) и остаточной стоимости амортизируемого имущества именно этих подразделений.

Специалисты Минстроя  сделали однозначный вывод: для ТСЖ, осуществляющих управление многоквартирным домом, содержание и ремонт общего имущества за счет целевых взносов и платы за жилое помещение, нужно применять код ОКВЭД 68.32.1 — «Управление эксплуатацией жилого фонда за вознаграждение или на договорной основе» (входит в группу 68.32 «Операции с недвижимым имуществом»). В ведомстве также особо отметили, что деятельность товариществ не подпадает под код 68.32, если он определяется для служб коммунальной поддержки.

Доходы от предоставления банкам прав использования собственных программ для ЭВМ (включая лицензионные договоры и удаленный доступ) могут учитываться. Ранее действовавшее исключение, касающееся банковских и финансовых услуг, на передачу прав использования ПО не распространяется — если такая передача сама по себе не является оказанием финансовых услуг (дилерство, брокеридж, факторинг и т.п.).