Согласно подпункту 1 пункта 2 статьи 149 НК РФ освобождаются от обложения НДС медицинские изделия, включенные в специальный Перечень, утвержденный Правительством РФ (постановление № 1042 от 30.09.2015). В этом перечне, в пункте 18 раздела I, прямо указаны медицинские изделия с кодом ОКПД 2 32.50.11.000. Если медицинское изделие не подпадает под освобождение по статье 149 НК РФ, оно может облагаться НДС по пониженной ставке 10% на основании подпункта 4 пункта 2 статьи 164 НК РФ. Для этого изделие должно входить в другой перечень, утвержденный постановлением Правительства РФ № 688 от 15.09.2008.

Налоговый орган нарушил процедуру, предусмотренную Налоговым кодексом. Установив в ходе проверки факт возможного правонарушения (подписание отчетов неуполномоченным лицом), инспекция была обязана составить акт налоговой проверки и ознакомить с ним предпринимателя, предоставив ему возможность дать пояснения и представить возражения. Вместо этого налоговики ограничились уведомлением об аннулировании отчетов, что лишило предпринимателя права на защиту.

Денежные средства, полученные налогоплательщиком из бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, в том числе через третьих лиц, в целях финансирования выполняемых работ по переносу, переустройству объектов основных средств, принадлежащих налогоплательщику на праве собственности или оперативного управления, в связи с созданием или реконструкцией иного объекта (объектов) капитального строительства либо линейных объектов государственной или муниципальной собственности, финансируемых полностью или частично за счет средств бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, признаются в порядке, предусмотренном пунктом 4.1 статьи 271 Кодекса для учета субсидий (абзац восьмой пункта 4.1 статьи 271 Кодекса).

При осуществлении выплат и иных вознаграждений в натуральной форме в виде товаров (работ, услуг), иного имущества база для исчисления страховых взносов определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг), иного имущества, исчисленная исходя из их цен, определяемых в порядке, аналогичном предусмотренному статьей 105.3 Кодекса. Учитывая, что оплата лечения и пребывания работника в медицинском учреждении не является платежом по упомянутому договору на оказание медицинских услуг, то такие расходы организации в пользу работника облагаются страховыми взносами в общеустановленном порядке как выплаты в натуральной форме в рамках трудовых отношений.