Инспекция отказала организации в возмещении НДС по декларации, но организация обратилась в суд и выиграла. Инспекция зачла излишне уплаченный НДС  в счет погашения задолженности организации по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН. Но организация решила, что инспекция должна уплатить проценты за нарушение срока возврата излишне уплаченного налога.

Организация заявила вычет «входного» НДС после ввода основного средства в эксплуатацию и отражения его на счете 01. Это произошло после длительной реконструкции, спустя семь лет после приятия объекта к учету на счет 08. Инспекция сочла вычет НДС неправомерным.

Организация приобрела имущество у продавца, который на этот момент был признан банкротом. Он выставил счет-фактуру с выделенной суммой НДС, которую организация заявила к вычету. Но инспекция сочла вычет неправомерным, так как реализации имущества банкротом не облагается НДС.

Организация получила требование инспекции о представлении документов (информации) в связи с проведением мероприятий налогового контроля вне рамок проведения налоговых проверок и не выполнила это требование, так как в нем не было указано, в рамках какого мероприятия возникла необходимость в предоставлении документов (информации). Инспекция оштрафовала организацию за непредставление затребованных документов.

Организация производит из одного вида сырья несколько видов продукции. Транспортно-заготовительные расходы, связанные с приобретением сырья, невозможно рассчитать на единицу готовой продукции. Поэтому организация относила ТЗР к косвенным расходам и списывала их на финансовый результат в периоде возникновения. Однако инспекция сочла необоснованным списание таких расходов в качестве косвенных.

ФСС РФ установил организации скидку к тарифу по страховым взносам «на травматизм». Однако в году применения скидки у организации возникла задолженность по взносам. В связи с этим фонд по истечении года применения скидки издал приказ, которым отменил ранее изданный приказ, устанавливавший скидку, а также доначислил взносы «на травматизм» в связи с отменой скидки.

Организация совместно с собственником арендуемой недвижимости участвовала в ее реконструкции, выполнив подрядным способом ремонтные работы. Стоимость работ организация учла в расходах единовременно, квалифицировав их как ремонт. Однако инспекция сочла, что затраты организации являются капитальными вложениями в арендуемые основные средства в форме неотделимых улучшений и должны учитываться через амортизацию.

Организация, применяющая общую систему налогообложения, при присоединении к ней другой организации, применявшей УСН с объектом налогообложения «доходы», получила объект незавершенного строительства, затраты на приобретение которого понесла присоединенная организация в период применения УСН. Эти затраты организация - правопреемник учла при налогообложении прибыли по факту реализации объекта. Однако инспекция сочла это неправомерным.

Организация исчислила, удержала и перечислила НДФЛ в бюджет ранее дат фактической выплаты доходов сотрудникам. Инспекция доначислила налог и оштрафовала организацию за несвоевременное исполнение обязанности по перечислению удержанного НДФЛ. По мнению Инспекции, обязанность перечисления НДФЛ у налогового агента возникает только в момент осуществления выплат физическим лицам.

Организация (заказчик) заключила договор на выполнение строительно-монтажных работ с подрядчиком, применяющим УСН. Акты выполненных работ и счета оформлялись с выделением НДС. Инспекция сочла, что вычеты НДС со стоимости строительно-монтажных работ неправомерны.