Если оснований для освобождения нет, то применяются общие правила. Организация или ИП, перешедшие на УСН и не имеющие оснований для освобождения от НДС, в отношении операций, поименованных в подпункте 2 пункта 2 статьи 146 и статье 149 НК РФ, применяют освобождение от налогообложения, а по облагаемым операциям — налоговые ставки, установленные статьей 164 НК РФ. Если организация или ИП на УСН имели основания для освобождения от НДС по пункту 1 статьи 145 НК РФ, но при реализации товаров (работ, услуг) выставляли покупателям счета-фактуры с выделенной суммой НДС, применяется подпункт 1 пункта 5 статьи 173 НК РФ — обязанность перечислить соответствующую сумму налога в бюджет.