Если выплаты стипендий производятся в соответствии с положениями Закона № 273-ФЗ и такие стипендии указаны в пункте 11 статьи 217 Кодекса, то такие доходы не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц. Если расходы на выплату стипендий физическим лицам предусмотрены договором на обучение, то они могут учитываться при формировании налоговой базы по налогу на прибыль организаций.

Необходимые для корректного расчета пособия сведения о совместительстве  находились в распоряжении самого Соцфонда и должны были быть им учтены. Таким образом, причинно-следственная связь между действиями университета и излишне выплаченной суммой пособия отсутствует.

Если в течение налогового периода по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН, у организации или индивидуального предпринимателя, использующего освобождение от НДС, сумма доходов, определяемых в соответствии со статьей 346.15 и подпунктами 1 и 3 пункта 1 статьи 346.25 Кодекса, а также с учетом особенностей, предусмотренных данным пунктом, превысила в совокупности 60 млн рублей, такие организация или индивидуальный предприниматель утрачивают освобождение от НДС начиная с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором имело место такое превышение, и, соответственно, начинают исполнять обязанности налогоплательщика, связанные с исчислением и уплатой НДС.