При госрегистрации организация заявила о применении УСН и получила подтверждение от налоговой инспекции. Однако в первый год деятельности она платила налоги и отчитывалась в рамках общей системы налогообложения, хотя и не отказывалась от применения УСН. Инспекция, не получив от организации декларацию по УСН, заблокировала ее расчетный счет.

На расчетный счет арендодателя, применяющего УСН, в декабре поступил ошибочный платеж от арендатора. В январе арендодатель вернул арендатору ошибочную сумму. Однако инспекция включила это поступление в состав доходов арендодателя и установила превышение в четвертом квартале суммы предельно допустимого дохода для применения УСН.

ФСС РФ по результатам выездной проверки решил, что заключенный организаций договор подряда на техническое обслуживание и ремонт оборудования фактически является трудовым договором, и доначисли взносы "на травматизм". Организация обратилась в суд.

Организация, применяющая УСН, построила здание, ввела его в эксплуатацию, зарегистрировала право собственности и в том же году продала это основное средство. В результате ей пришлось пересчитать налоговую базу за весь период пользования зданием по правилам главы 25 Налогового кодекса РФ. Инспекция сочла неправомерным уменьшение дохода от продажи здания на его остаточную стоимость.

Организация совмещала ЕНВД и УСН. В спорном году деятельности в рамках УСН не было, при этом организация продала здание и получила оплату за него от покупателя. За этот год она подала «нулевую» декларацию по УСН. Однако инспекция решила, что полученный доход от реализации здания следовало задекларировать в рамках УСН.

ФСС РФ счел неправомерной выплату больничных в размере 100 процентов среднего заработка работникам организации, не состоявшим в трудовых отношениях по состоянию на 01.01.2007 в районах Крайнего Севера. По мнению фонда, в этом случае пособие определяется в зависимости от продолжительности страхового стажа работника.

Принадлежащее организации здание указано в Перечне зданий, строений и сооружений, в отношении которых налоговая база определяется как их кадастровая стоимость, с правильным адресом, но с другим кадастровым номером. Поэтому организация не платила налог на имущество по кадастровой стоимости. Инспекция не согласилась с такой позицией.

При оформлении листка нетрудоспособности сотрудник поликлиники неправильно написал фамилию работника организации. Впоследствии работник получил дубликат больничного листка взамен испорченного. Однако ФСС РФ в ходе документальной выездной проверки не принял расходы по дубликату, поскольку он был выдан за пределами проверяемого периода.

Организация - резидент промышленно-производственной особой экономической зоны получила доходы в виде процентов и положительных курсовых разниц и применила по ним льготную ставку по налогу на прибыль. Однако налоговая инспекция решила, что следовало применять обычную налоговую ставку.

Инспекция отказала организации в возмещении НДС по декларации, но организация обратилась в суд и выиграла. Инспекция зачла излишне уплаченный НДС  в счет погашения задолженности организации по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН. Но организация решила, что инспекция должна уплатить проценты за нарушение срока возврата излишне уплаченного налога.