Организация производит из одного вида сырья несколько видов продукции. Транспортно-заготовительные расходы, связанные с приобретением сырья, невозможно рассчитать на единицу готовой продукции. Поэтому организация относила ТЗР к косвенным расходам и списывала их на финансовый результат в периоде возникновения. Однако инспекция сочла необоснованным списание таких расходов в качестве косвенных.

ФСС РФ установил организации скидку к тарифу по страховым взносам «на травматизм». Однако в году применения скидки у организации возникла задолженность по взносам. В связи с этим фонд по истечении года применения скидки издал приказ, которым отменил ранее изданный приказ, устанавливавший скидку, а также доначислил взносы «на травматизм» в связи с отменой скидки.

Организация совместно с собственником арендуемой недвижимости участвовала в ее реконструкции, выполнив подрядным способом ремонтные работы. Стоимость работ организация учла в расходах единовременно, квалифицировав их как ремонт. Однако инспекция сочла, что затраты организации являются капитальными вложениями в арендуемые основные средства в форме неотделимых улучшений и должны учитываться через амортизацию.

Организация, применяющая общую систему налогообложения, при присоединении к ней другой организации, применявшей УСН с объектом налогообложения «доходы», получила объект незавершенного строительства, затраты на приобретение которого понесла присоединенная организация в период применения УСН. Эти затраты организация - правопреемник учла при налогообложении прибыли по факту реализации объекта. Однако инспекция сочла это неправомерным.

Организация исчислила, удержала и перечислила НДФЛ в бюджет ранее дат фактической выплаты доходов сотрудникам. Инспекция доначислила налог и оштрафовала организацию за несвоевременное исполнение обязанности по перечислению удержанного НДФЛ. По мнению Инспекции, обязанность перечисления НДФЛ у налогового агента возникает только в момент осуществления выплат физическим лицам.

Организация (заказчик) заключила договор на выполнение строительно-монтажных работ с подрядчиком, применяющим УСН. Акты выполненных работ и счета оформлялись с выделением НДС. Инспекция сочла, что вычеты НДС со стоимости строительно-монтажных работ неправомерны.

Организация несвоевременно перечисляла в бюджет НДФЛ, удержанный ею в качестве налогового агента, и ходатайствовала о снижении размера штрафа ввиду наличия смягчающих обстоятельств. Суд снизил размер налоговых санкций, несмотря на наличие отягчающих обстоятельств (неоднократное привлечение организации к аналогичной ответственности).

Организация в течение двух лет перечисляла НДФЛ в бюджет заранее (до удержания из доходов физических лиц), в связи с чем у нее возникала переплата. При выплате дохода физическому лицу организация удерживала НДФЛ, но в бюджет не перечисляла, предполагая наличие права на зачет излишне уплаченного налога. Инспекция сочла, что налог уплачивался несвоевременно и за счет собственных средств организации - налогового агента, что недопустимо.

В году, предшествующем переходу на уплату ЕСХН, организация получила аванс от покупателя, включающий НДС, и заплатила этот налог в бюджет. После перехода на уплату ЕСХН она вернула покупателю  аванс и заявила вычет НДС в уточненной декларации за тот период, в котором аванс был получен. Инспекция по итогам камеральной проверки уточненной декларации по НДС сочла вычет необоснованным.

Организация (ЗАО), применявшая УСН, была реорганизована в форме преобразования в ООО. После этого вид ее деятельности остался прежним, и ООО уплатило налог в связи с применением УСН. Однако, по мнению Инспекции, чтобы применять УСН после реорганизации, следовало подать уведомление в сроки, предусмотренные пунктом 2 статьи 346.13 Налогового кодекса РФ для вновь созданных организаций. А ООО пропустило этот срок и подало уведомление не по рекомендуемой форме.