Доходом ООО на УСН признается не рыночная стоимость переданного имущества, а действительная (рыночная) стоимость доли вышедшего участника, определяемая по правилам Закона об ООО на момент после перехода этой доли к обществу. Проще говоря, налог нужно платить не с того, что вы отдали (имущество), а с того, что вы приобрели (стоимость доли вышедшего участника), так как эта доля перешла к самому обществу.

Ни из НК РФ, ни из практики высших судебных органов не следует, что подобная организация первичной выездной налоговой проверки сама по себе препятствует последующему проведению повторной выездной налоговой проверки и нарушает права проверяемого налогоплательщика. Критерии, установленные статьей 89 НК РФ, управлением соблюдены. В случае несогласия общества с результатами повторной выездной налоговой проверки, оно может защитить свои права, в том числе, путем оспаривания решения, принятого по ее итогам.