У компании есть филиал в Казахстане, зарегистрированный по казахскому  законодательству. Компания  вывозила товары из РФ в свой филиал, а он продавал их казахским покупателям. 

В 2013 году у компании произошла авария. В течение 1,5 лет после этого она продолжала работу, платила страховые взносы и не имела просроченной задолженности. В 4 квартале 2014 года у нее возникли финансовые трудности, связанные с аварией. Компания обратилась в ПФР с заявлением о предоставлении отсрочки по уплате страховых взносов, пеней, штрафов.

Компания учла в составе внереализационных расходов затраты на ликвидацию объектов незавершенного строительства. Инспекция в ходе выездной  проверки признала такое действие неправомерным.

Временная таможенная декларация, составленная во втором квартале, содержала отметку "выпуск разрешен". Отметки "товар вывезен" на ней не было. А полная таможенная декларация, составленная в третьем квартале, содержала отметку "товар вывезен ". При этом отметки о вывозе товара были на всех международных товарно-сопроводительных документах.

Единственный участник внес денежный вклада в имущество компании. Компания ошибочно начислила на эту сумму НДС, как на аванс, хотя операция является необлагаемой.