Организация несвоевременно перечисляла в бюджет НДФЛ, удержанный ею в качестве налогового агента, и ходатайствовала о снижении размера штрафа ввиду наличия смягчающих обстоятельств. Суд снизил размер налоговых санкций, несмотря на наличие отягчающих обстоятельств (неоднократное привлечение организации к аналогичной ответственности).

Организация в течение двух лет перечисляла НДФЛ в бюджет заранее (до удержания из доходов физических лиц), в связи с чем у нее возникала переплата. При выплате дохода физическому лицу организация удерживала НДФЛ, но в бюджет не перечисляла, предполагая наличие права на зачет излишне уплаченного налога. Инспекция сочла, что налог уплачивался несвоевременно и за счет собственных средств организации - налогового агента, что недопустимо.

В году, предшествующем переходу на уплату ЕСХН, организация получила аванс от покупателя, включающий НДС, и заплатила этот налог в бюджет. После перехода на уплату ЕСХН она вернула покупателю  аванс и заявила вычет НДС в уточненной декларации за тот период, в котором аванс был получен. Инспекция по итогам камеральной проверки уточненной декларации по НДС сочла вычет необоснованным.

Организация (ЗАО), применявшая УСН, была реорганизована в форме преобразования в ООО. После этого вид ее деятельности остался прежним, и ООО уплатило налог в связи с применением УСН. Однако, по мнению Инспекции, чтобы применять УСН после реорганизации, следовало подать уведомление в сроки, предусмотренные пунктом 2 статьи 346.13 Налогового кодекса РФ для вновь созданных организаций. А ООО пропустило этот срок и подало уведомление не по рекомендуемой форме.

Организация приобрела вертолет и учла его как товар. Инспекция сочла, что вертолет следовало отнести к основным средствам и включить его стоимость в налоговую базу по налогу на имущество организаций.

Организация получила простую (неисключительную) лицензию на использование программы для ЭВМ и признала расходы на покупку лицензии единовременно. Инспекция по итогам выездной  проверки сочла необоснованным единовременное признание таких расходов.

Компания при выплате  сотруднику выходного пособия по увольнению в связи инвалидностью не включило эту сумму в базу для начисления страховых взносов. Пенсионный фонд РФ по итогам выездной проверки счел, что выходное пособие облагается взносами как выплата, произведенная в рамках трудовых отношений.

Компания построила объект, но не приняла его к учету в качестве основного средства, то есть не платила налог на имущество. Инспекция сочла, что объект отвечает всем признакам основного средства и подпадает под обложение налогом.

Организация в IV квартале получила оплату в сумме, превышающей стоимость товаров, и не начислила НДС с суммы превышения. В I квартале следующего года у нее была переплата по НДС. Инспекция по результатам выездной проверки, не охватывающей I квартал следующего года, квалифицировала указанную разницу как предоплату и  оштрафовала организацию.

Само по себе использование заемных средств и взаимозависимость продавца и покупателя не доказывает получение покупателем необоснованной налоговой выгоды от вычета НДС.