Доходом ООО на УСН признается не рыночная стоимость переданного имущества, а действительная (рыночная) стоимость доли вышедшего участника, определяемая по правилам Закона об ООО на момент после перехода этой доли к обществу. Проще говоря, налог нужно платить не с того, что вы отдали (имущество), а с того, что вы приобрели (стоимость доли вышедшего участника), так как эта доля перешла к самому обществу.