Социальный налоговый вычет в сумме расходов на оказанные медицинские услуги предоставляется при представлении налогоплательщиком в налоговый орган документа, подтверждающего фактические расходы налогоплательщика на оказанные медицинские услуги, выданного налогоплательщику медицинской организацией, индивидуальным предпринимателем, осуществляющим медицинскую деятельность, по форме и в порядке, которые утверждаются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов, по согласованию с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере здравоохранения.

В отношении паевых фондов кооперативов не признаются реализацией товаров, работ или услуг паевые взносы в такие фонды. Передача имущества из паевых фондов пайщику в пределах его первоначального взноса признается реализацией в общеустановленном порядке. Выдача паевого взноса в форме передачи товаров (выполнения работ, оказания услуг) признается объектом налогообложения НДС, и кооператив должен по этой операции исчислить НДС в общеустановленном порядке.

Не подлежат налогообложению доходы налогоплательщиков, получаемые от продажи выращенной в личных подсобных хозяйствах, находящихся на территории Российской Федерации, продукции животноводства (как в живом виде, так и продуктов убоя в сыром или переработанном виде), продукции растениеводства (как в натуральном, так и в переработанном виде).

В случае если по итогам отчетного периода - полугодия 2025 года условие о доле доходов от профильной деятельности будет выполнено, такая организация, имеющая документ о государственной аккредитации ИТ-организации, вправе применять единый пониженный тариф страховых взносов, установленный пунктом 2.2-1 статьи 427 Налогового кодекса, с начала расчетного периода (с 1 января 2025 года), произведя перерасчет ранее уплаченных страховых взносов исходя из общеустановленных тарифов и представив в налоговый орган уточненный расчет по страховым взносам за первый квартал 2025 года.

В случае выставления лицами, не являющимися налогоплательщиками НДС, или налогоплательщиками, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, покупателю счета-фактуры с выделением в нем суммы НДС эта сумма налога подлежит уплате в бюджет в полном объеме.

При определении налоговой базы налогоплательщики, получающие доходы от выполнения работ (оказания услуг) по договорам гражданско-правового характера, имеют право на получение профессионального налогового вычета в сумме фактически произведенных ими и документально подтвержденных расходов, непосредственно связанных с выполнением этих работ (оказанием услуг).

Налогоплательщик, перешедший с 1 января 2025 г. с УСН на ОСН, в отношении услуг, фактически оказанных им до 1 января 2025 г., к оплате покупателю этих услуг соответствующую сумму НДС не предъявляет. При этом составленные после 1 января 2025 г. первичные документы в отношении услуг, фактически оказанных указанным налогоплательщиком до 1 января 2025 г., не являются основанием для предъявления покупателю сумм НДС.

Добросовестный налогоплательщик не может реализовать право на вычет по формальным основаниям, что недопустимо. Счета-фактуры должен был составить и передать поставщик, но он эту обязанность (закрепленную законодательством и условиями договора) не исполнил и ввиду реорганизации выполнить не сможет.
Таким образом, обществом соблюдены условия для принятия к вычету НДС. Доначисления беспочвенны.