Инспекторы доначислили предприятию налоги на прибыль и на имущество (с пенями и штрафами), сославшись на то, что оно отнесло ряд основных средств не к той амортизационной группе.

У  иностранной организации должен быть документ, подтверждающий статус образовательного учреждения. Тогда соцвычет по НДФЛ предоставят.

Перечень средств, признаваемых средствами целевого финансирования и целевыми поступлениями, не учитываемыми в целях налогообложения прибыли, установлен подпунктом 14 пункта 1 и пунктом 2 статьи 251 НК РФ. Там обозначены обязательные условия, соблюдение которых позволяет отнести полученные средства к этой категории поступлений.
В частности, к средствам целевого финансирования относится имущество, полученное налогоплательщиком и использованное им по назначению, определенному организацией (физическим лицом) - источником целевого финансирования или федеральными законами в виде средств, полученных обществом взаимного страхования от организаций - членов общества взаимного страхования.

Не облагаются НПД доходы от оказания (выполнения) физлицами услуг (работ) по ГПД, при условии, что заказчиками услуг (работ) выступают работодатели указанных физических лиц или лица, бывшие ими менее двух лет назад.
Таким образом, учредитель организации не вправе применять спец режим НПД в отношении выполнения работ данной организации если он состоит с ней (или состоял на протяжении двух последних лет) в трудовых отношениях.

При определении налоговой базы при УСН не учитываются, в частности, средства целевого финансирования в виде полученных грантов.
Налогоплательщики, получившие средства целевого финансирования, обязаны вести раздельный учет доходов (расходов). Если такой учет не ведется, средства рассматриваются как подлежащие налогообложению с даты их получения.

Расходы компании на обучение своих работников относятся к прочим расходам, связанным с производством и реализацией.
Однако учесть в расходах можно только те затраты, которые понесены организацией в рамках заключенных договоров с образовательными учреждениями.
Если же работник заключил договор с образовательным учреждением от своего имени, то компенсация стоимости его обучения не может быть отнесена к расходам, которые учитываются организацией в целях налога на прибыль.

Судьи не нашли свидетельств того, что кооператив не использовал нежилые помещения в деятельности по производству и реализации сельхозпродукции.
Следовательно, к этим помещениям применимо освобождение от налога на имущество.

Взаимозависимость различных компаний не может быть самостоятельным признаком совершения налогового правонарушения.
Предприниматели вправе самостоятельно выбирать налоговый режим для ведения деятельности с учетом своих оценок экономической эффективности и целесообразности. Принцип свободы экономической деятельности пока никто не отменял.
Если одна или несколько компаний, будучи взаимозависимыми, переходят на применение спецрежима – это не может быть основанием для проведения выездной налоговой проверки.