При переходе на основной режим налогообложения  фирма определяет базу по налогу на прибыль, используя метод начисления. В этом случае в доход можно включить суммы задолженности покупателей по оплате товаров, реализованных в период применения УСН. В расходы можно включать затраты на приобретение товаров, которые не были оплачены до перехода на основной режим.

Организация, которая эксплуатирует недвижимость, но не успела подать документы на регистрацию права собственности до 1 января 2013 года, не может начислять амортизацию до дня подачи документов на регистрацию.

В письме рассматриваются различные механизмы учета при определении базы по налогу или уменьшения налога на сумму страховых взносов, уплачиваемых индивидуальными предпринимателями, применяющими специальные налоговые режимы.

Организации, применяющие УСН, не освобождаются от исполнения обязанностей налоговых агентов. В связи с этим такие организации признаются агентами по налогу на добавленную стоимость.