Хранить документы, подтверждающие объем понесенного убытка, нужно в течение всего срока, пока он уменьшает налоговую базу на суммы ранее полученных убытков.

Если на момент регистрации декларации ввозимого оборудования, его нет в Перечне для освобождения от НДС, у импортера нет оснований для освобождения от налога. НДС должен быть исчислен и уплачен в полном объеме до выпуска оборудования с таможни.В таком случае, оснований для возврата НДС нет.
Но вернуть НДС можно, если ввезенное оборудование включено в Перечень уже после его выпуска с таможни, и Перечень имеет ретроспективное применение.