Местом реализации агентских услуг, которые оказывает иностранная компания российской организации - принципалу, территория Российской Федерации не признается. Поэтому данные услуги не облагаются НДС в Российской Федерации. НДС платить не нужно.

Если таможенные платежи связаны с ввозом товаров с целью перепродажи, то платежи нельзя учесть в расходах при УСН по факту траты денежных средств. Нужно дождаться, пока ввезенные товары будут оплачены продавцу и проданы покупателю.