При возникновении спора о стоимости выполненных работ, который решается в судебном порядке, новый счет-фактуру подрядчик не выставляет. Предъявить налог к вычету заказчик может на основании первоначального счета-фактуры, представив судебный акт о том, что стоимость выполненных работ не соответствует заявленной стоимости.

Разъяснение специалистов Минфина России об уплате налога на прибыль и НДС по договору цессии.