При начислении НДФЛ организация должна учитывать все доходы, которые получает от нее работник.

Если же оплата проезда носит социальный характер, ее нельзя учесть при расчете ЕСХН вне зависимости от того, предусмотрена она трудовым договором или нет.

Работодателю не обязательно оформлять документы для отстранения от работы сотрудника, не прошедшего вовремя медосмотр.