Если организация не является для физлица работодателем, то такая организация не вправе предоставлять имущественный вычет по НДФЛ.

Минфин высказал позицию, что обязанность покупателя восстановить налог не зависит от того, когда продавец отгрузил товар и у него возникло право на вычет НДС с аванса. То есть, покупатель может восстановить НДС в том периоде, когда принял товар на учет.
Но следуя такой позиции могут возникнуть проблемы с налоговой.

Принятие к вычету сумм налога, уплаченных при ввозе товаров, помещенных под иные таможенные процедуры, нормами Кодекса не предусмотрено.