Суммы, которые выплачивают организации своим сотрудникам на возмещение затрат на проценты по ипотеке, не облагаются НДФЛ.
В целях налога на прибыль, организация может учитывать возмещение в составе расходов на оплату труда. Они признаются в размере не более 3% суммы расходов на оплату труда. Но это правило не действует, если работодатель уплачивает за работника проценты по кредиту (займу) на приобретение или строительство жилья.

Если уменьшение уставного капитала происходит в силу закона, или если в силу увеличения уставного капитала по отношению к стоимости чистых активов по окончании отчетного года, то налог на образовавшийся доход не платится.  

Согласно НК РФ вычет налога на добавленную стоимость на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов не предусмотрен.