Компания выполнила работы по договору подряда и получила  оплату из бюджета по цене, указанной в договоре. Полученную сумму компания не включила в налоговую базу по НДС. 

Компания приобретала сырье в России, а готовую продукцию отгружала на экспорт и продавала на внутреннем рынке. Технологический процесс таков, что выпуск всей  продукции производится одновременно. "Входной" НДС по общехозяйственным расходам компания в полной сумме предъявляла к вычету в период приобретения и принятия к учету товаров (работ, услуг).